然而，在赢得巨大成功与荣誉的同时，赫伯特的生活中却出现了不祥的阴影。

1984年，他的妻子去世;同年，由制片人戴维&iddot;林奇拍摄的电影版《沙丘》上映，尽管被大众给予厚望，而且制作经费高昂，但这部影片的国内票房成绩却异常惨淡。

不过，在北美之外的地区，比如欧洲和日本，该片在商业上还是取得了相当大的成功。

也就在这一年，赫伯特出版了&ldo;沙丘系列&rdo;的第五本小说《《沙丘的异教徒》（hereticsofdune），此书被众多沙丘爱好者视为可以和《沙丘》相媲美的作品。

在这一年的年末，赫伯特终于走出阴影，与里尔莎&iddot;沙克尔福德结婚，开始了新的生活。

1986年，赫伯特出版了《沙丘》系列的第六部作品《沙丘圣殿》（插pterhoedune），这是他创作的最后一部&ldo;沙丘系列&rdo;小说。

1986年2月11日，由于身患胰腺癌，赫伯特病逝于威斯康星州的麦迪逊市，终年65岁。

赫伯特去世后，留下了大量的手稿资料，内容包括情节上发生于《沙丘》之前的&ldo;沙丘宇宙&rdo;的历史，以及他计划创作的《沙丘》续集的大纲。

在随后的日子里，赫伯特的儿子布莱恩&iddot;赫伯特和另一位著名的科幻小说家凯文&iddot;j&iddot;安德森利用这些资料，共同创作了一系列&ldo;沙丘前传&rdo;小说，并且还准备创作情节上与《沙丘圣殿》有继承关系的后续作品，即《沙丘猎人》和《沙丘沙虫》，这两本书将分别在2006年和2007年出版。

通过科幻小说，弗兰克&iddot;赫伯特试图探讨诸如哲学、宗教、心理学、政治学和生态学等方面的复杂问题。

赫伯特小说最大的特色是对人类生存和进化问题的深入思考。

弗兰克&iddot;赫伯特有一群几乎狂热的读者，他们阅读赫伯特写过的所有小说和非小说类文章，并将赫伯特奉为精神领袖。

正因为受到一部分爱好者如痴如狂的崇拜，赫伯特也时常被人指责说他试图通过小说制造宗教狂热。

赫伯特小说中涉及到的关键主题有：

&iddot;　对领导权的关注。

他深入探究了人类容易盲目跟随拥有超凡人格魅力的领袖的倾向，并且钻研了官僚组织和政府机构的各种优缺点。

&iddot;　赫伯特是第一个普及&ldo;生态学&rdo;和&ldo;系统思想&rdo;这两个概念的科幻作家，他强调人类的思维必须有系统性和预见性。

&iddot;　宗教、政治和权力的关系。

&iddot;　人类的生存和进化。

&iddot;　人类的潜能和人性的诸种可能的表现。

&iddot;　理性与疯狂的本质。

&iddot;　能够改变人的意识的化学物质所可能造成的影响和后果。

&iddot;　语言怎样影响人们的思考方式。